Los murciélagos en ocasiones son plagas, sobre todo cuando instalan sus sitios de residencia en los edificios y existen buenas razones para no tolerar su presencia. Los chillidos que emiten los murciélagos son molestos. Sus excretas y orina causan olores desagradables y persistentes, también pueden manchar las paredes, techos así como atraer insectos y otras colonias de murciélagos, aún cuando la colonia original se haya fragmentado.
La acumulación de excretas de murciélagos en áticos o en el suelo, crea un ambiente favorable para el crecimiento del Histoplasmosis Capsulatum, un organismo fúngico, que puede producir Histoplasmosis, puede ser fatal, los hongos pueden estar presentes en las excretas y se pueden acumular por periodos prolongados. Por lo tanto, un a perchado  de murciélagos bien establecida en un ático o cueva puede ser peligrosa, ya que las esporas fúngicas pueden viajar hasta los pulmones en los lugares donde la gente respira el polvo de las áreas de perchado. Aunque la incidencia actual de histoplasmosis en las perchas de murciélagos es extremadamente baja, Pero aun lo mas peligroso es que podrían ser portadores de Rabia, transmitiendo la enfermedad a personas y mascotas, por lo que su tratamiento en requiere la intervención de profesionales de Control de Plagas